Monseñor Juan Antonio Flores nació en el seno de una familia católica
Juan Antonio Flores Santana nació el 3 de julio de 1927, en Boca de Licey, Tamboril, en el seno de una familia católica e ingresó en 1941 al Seminario Menor Padre Fantino del Santo Cerro, La Vega, dirigido por padres Jesuitas.
A partir de 1947 fue al Seminario Mayor, Santo Tomas de Aquino de Santo Domingo, donde estudió Filosofía y Teología. Luego viajó a la Universidad de Comillas en España donde continuó sus estudios para ser ordenado sacerdote en el año 1953.
En el año 1966 fue ordenado obispo por el papa Pablo VI, pasando a dirigir la diócesis de La Vega sustituyendo a monseñor Francisco Panal.
En esas funciones desarrolló una intensa labor pastoral y social, siendo mentor de la Universidad Católica y Tecnológica del Cibao (Ucateci.
En el año 1992 fue trasladado a Santiago, para reemplazar a Roque Adames y luego pasó a ser arzobispo al crearse al final de los años 90 del siglo pasado, la segunda provincia eclesiástica del país, por disposición del papa Juan Pablo II.
